A Inquisição era um tribunal eclesiástico destinado a defender a fé católica: vigiava, perseguia e condenava aqueles que fossem suspeitos de praticar outras religiões. Exercia também uma severa vigilância sobre o comportamento moral dos fiéis e censurava toda a produção cultural bem como resistia fortemente a todas as inovações científicas. Na verdade, a Igreja receava que as ideias inovadoras conduzissem os crentes à dúvida religiosa e à contestação da autoridade do Papa.

Execução de condenados pela Inquisição, no Terreiro do Paço, em Lisboa
(séc. XVIII)
As novas propostas filosóficas ou científicas eram, geralmente, olhadas com desconfiança pela Inquisição que submetia a um regime de censura prévia todas as obras a publicar, criando o Index, catálogo de livros cuja leitura era proibida aos católicos, sob pena de excomunhão.
As pessoas viviam amedrontadas e sabiam que podiam ser denunciadas a qualquer momento sem que houvesse necessariamente razão para isso.
Quando alguém era denunciado, levavam-no preso e, muitas vezes, era torturado até confessar. Alguns dos suspeitos chegavam a confessar-se culpados só para acabar com a tortura. No caso do acusado não se mostrar arrependido ou de ser reincidente, era condenado, em cerimónias chamadas autos-de-fé, a morrer na fogueira.

Foi Pedida por D. Manuel I, para cumprir o acordo de casamento com Maria de Aragão. A 17 de Dezembro de 1531, o Papa Clemente VII, pela bula Cum ad nihil magis instituiu-a em Portugal, mas um ano depois anulou a decisão. Em 1533 concedeu a primeira bula de perdão aos cristãos-novos portugueses. D. João III, filho da mesma D. Maria, renovou o pedido e encontrou ouvidos favoráveis no novo Papa Paulo III que cedeu, em parte por pressão de Carlos V de Habsburgo.
Em 23 de Maio de 1536, por outra bula em tudo semelhante à primeira, foi instituída a Inquisição em Portugal. Sua primeira sede foi Évora, onde se achava a corte. Tal como nos demais reinos ibéricos, tornou-se um tribunal ao serviço da Coroa.

Além disso, a Inquisição portuguesa é instituída em pleno século XVI, quando a economia capitalista começa florescer e os interesses clericais começam a girar em torno de outros objectivos, do que meramente perseguir hereges e combater heresias.

O primeiro auto-de-fé realizou-se em Lisboa, a 20 de Setembro de 1540, seguindo-se outros em Coimbra, Porto, Lamego, Tomar e Évora. Devido a contínuos desentendimentos, o papa mandou suspender a actividade do Tribunal do Santo Ofício em 1544.

Um auto-de-fé nos cadernos dos meus alunos.

O governo português inconformado, propõe negociações e mais negociações até que o papa, diante de uma proposta irrecusável que trazia incomparáveis vantagens económicas, percebeu a urgência e a necessidade de se combater as heresias e propagar a fé cristã em terras portuguesas e pela bula meditatio cordis, de 16 de Julho de 1547, revigora-se a fé católica restabelecendo a Inquisição neste país.

A partir de então a Inquisição portuguesa presencia momentos de extrema eficiência, mas com requintes de crueldade, como os anos em que foi inquisidor-mor D. Henrique, irmão de D. João III, onde ocorreu o corte de toda apelação dos cristãos-novos a Roma e a concentração numa mesma pessoa, rei e inquisidor, a suprema autoridade política e a suprema autoridade religiosa. Assim o Tribunal do Santo Ofício assume o centro de poder do Estado português, mandando e desmandando da forma que lhe conviesse as dissidências da igreja católica.

Mas nem tudo se passou de forma tranquila e a Inquisição lusitana encontrou oposição no seio da própria igreja, na figura do padre António Vieira, que tentou de todas as formas impedir a acção do Santo Ofício, tanto que chegou a ir a Roma para denunciar ao papa Clemente IX os métodos e as injustiças da Inquisição portuguesa.
O seu brilhantismo foi tal que em 1674, o papa suspendeu as actividades do Santo Ofício, mas por pouco tempo, pois os hereges portugueses tinham de ser perseguidos e em 1681, o Tribunal de Deus volta às suas actividades normais.